mkvmerge GUI портит файлы

[fyt]

убираю всё лишнее с помощью этой программы из mkv контейнера
и некоторый файлы при просмотре некоторое время отключаються
смотрю на blu-ray проигрывателе(домашний кинотеатр)
и ещё вопрос если похожие программы

[DJ Mogarych]

Посмотрите здесь:
http://www.videohelp.com/tools/sections/video-de-multiplexers

Также сверху на том сайте есть другие категории, поищите в близких по значению.